Situada en el término municipal de Zuheros, a unos 980 metros sobre el nivel del mar, esta cueva - más bien una diaclasa - ofrece dos entradas, denominadas Cueva Grande y Cueva Chica. La entrada de la primera da paso a un amplio Vestíbulo por el que se accede a una serie de corredores, entre ellos el Corredor de las Pinturas que desemboca en la Sala de las Formaciones, de gran belleza por las estalactitas y las estalagmitas que contiene. Desde aquí se pasa a otra sala también con espeleotemas, la Sala del Órgano, volviendo a estrecharse el recorrido hasta llegar a la Sala del Fémur, que da paso a otro corredor por el que se llega a la Sala de la Celosía o de la Campana y, más adelante, a la Sala de los Estratos, encontrándose ésta a pocos metros de la salida, por la Cueva Chica.

La cueva tiene un recorrido que supera los dos kilómetros, aunque la zona visitable es sólo de 450 metros (aproximadamente un 25 % del total), con más de 700 escalones y una profundidad de 63 metros visitables. La temperatura media es de 9º C, aunque en la entrada de Cueva Chica llega a alcanzar los 4º C.

La primera noticia escrita de la cueva data de 1868, pero no se explorará hasta 1938. Esta cueva es conocida en todo el mundo por sus pinturas y por el importantísimo yacimiento arqueológico que contiene, habiéndose realizado en ella varias excavaciones que han puesto de manifiesto el valor que tiene esta cueva para el conocimiento del Neolítico. Pero antes de este período la cueva fue ocupada durante el Paleolítico Medio, hace más de 35.000 años, por el Hombre de Neanderthal, dejando en el interior restos de su industria lítica, llamada Musteriense, y de los animales cazados. A continuación, también se documenta en la cueva una ocupación por el Homo Sapiens Sapiens, anatómicamente moderno, durante el denominado Paleolítico Superior (30.000-9.000 a. C.). Además de útiles líticos (hojitas de dorso, microgravettes,…), se han localizado en las paredes de la zona del Vestíbulo figuras grabadas de diferentes animales, formas indeterminadas y un considerable número de trazos.

El Neolítico es la etapa de la Prehistoria en la que el hombre cambia de economía; de cazador y recolector pasa a cultivar cereales y a criar animales domésticos, aunque no por ello abandona la caza y la recogida de frutos y bayas silvestres. Gracias a las últimas excavaciones realizadas desde 1990, hoy podemos reconstruir la vida del grupo humano que se estableció aquí entre el VIº y IVº milenios a. C. Este grupo, aunque frecuentaba toda la cueva, vivía cerca de la entrada, donde les llegaba la luz del día, encendiendo candelas para calentarse, preparar sus alimentos o almacenarlos en fosas circulares excavadas en el suelo. En estos lugares elaboraban los útiles de los que se servían en sus actividades cotidianas: hojas de sílex para cortar, útiles de hueso para trabajar el cuero; modelaban el barro para hacer vasijas, algunas bellamente decoradas como la cerámica a la almagra, denominada así por estar cubierta su superficie de un pigmento rojo, el almagre. También hacían objetos para su adorno personal: brazaletes, colgantes de conchas y caracoles marinos, etc.

Su dieta alimenticia la conocemos por los restos de trigo y cebada carbonizados y por los huesos de los animales, salvajes y domésticos, encontrados. Una vez recogido el cereal, parte se guardaba como semilla y el resto se tostaba y se iba consumiendo a lo largo de todo el año, triturándolo en molinos de piedra. La carne la tenían asegurada con los animales domésticos que criaban, pero cazaban animales salvajes, como ciervos, osos, jabalíes, etc. y recolectaban bellotas, aceitunas de acebuche, etc.

La cueva tiene gran importancia también por las pinturas que hay en algunas de sus paredes. Destacan las representaciones de cabras, muy esquematizadas pero muy claras, siendo únicas en la actualidad, ya que no hay otras parecidas a éstas, la figura de un ídolo oculado y varias figuras humanas, siendo todas pintadas durante el Neolítico (6.000-3.000 a. C.) y el Calcolítico (3.000-2.000 a. C.).

En el fondo de la Sala de las Formaciones se conserva, además un enterramiento del neolítico. El cadáver pertenece a un individuo masculino que fue depositado cuidadosamente en un gour (antiguo charco) y aparece tendido boca arriba de cintura hacia el cráneo, mientras que las piernas fueron flexionadas hacia la derecha.

De manera que la Cueva de los Murciélagos de Zuheros contiene uno de los yacimientos más completos del Neolítico, habiendo proporcionado restos de otras culturas Prehistóricas más recientes (Edad del Cobre o Calcolítico y Edad del Bronce) e Históricas (época romana). Además, destaca por la belleza indescriptible de alguna de sus salas, con gran cantidad de estalactitas, estalagmitas, gours, etc.

Es responsabilidad de todos cuidar de esta maravilla de la Naturaleza y de este magnífico yacimiento arqueológico, de modo que no destrocemos en un segundo aquello que ha necesitado miles de milenios para formarse y lo que se ha conservado durante siglos.